Un esfuerzo tan amplio como el del Programa Bécalos requiere trabajar muy de cerca con las instituciones educativas más destacadas del país. La propuesta de alianzas con ellas ha arrojado resultados positivos que orientan al Programa en su sentido correcto.

Destacan, entre ellas, la Secretaría de Educación Pública y las secretarías de educación de cada entidad federativa, que duplican los recursos del Programa. También toman parte la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM), el Instituto Politécnico Nacional (IPN), el Colegio de Bachilleres, el Instituto Tecnológico y de Estudios Superiores de Monterrey (ITESM), los Centros de Estudios Científicos y Tecnológicos Estatales y la Academia Mexicana de las Ciencias, así como las Universidades Tecnológicas y las Universidades Autónomas Estatales. De acuerdo con los criterios establecidos con Bécalos, éstas llevan a cabo el proceso de selección entre los maestros y alumnos que desean recibir una beca.

La presencia de instituciones públicas y privadas y su importante colaboración en el Programa demuestran que el proyecto educativo de Bécalos motiva y entusiasma a un amplio sector de la sociedad mexicana.